重點及特色
本所係結合本校工程學院四個科系、六個研究所之特色縱向發展，但其間亦保持橫向整合，相互支援。重點及特色如下：
化學工程組：整合「化學工程系（含碩士班）」、「生物科技研究所」等系所師資及設備，共同發展。
材料及資源組：整合「材料及資源系（含碩士班）」、「化學工程系（含碩士班）」等系之師資及設備，共同發展。
土木與防災組：整合「土木與防災研究所」、「土木工程系」等系所師資及設備，共同發展。
有機高分子組：整合「有機高分子研究所」、「分子科學與工程系」等系所師資及設備，共同發展。
環境規劃組：整合「土木工程系」、「環境規劃與管理研究所」等系所之師資及設備，共同發展。
生物科技組：整合「化學工程系（含碩士班）」、「生物科技研究所」等系所師資及設備，共同發展。
本所發展重點略述如下：
化學工程組：分離程序、奈米材料、奈米技術、特用化學品、電化學、半導體製造、潔淨生產及程序工程等領域之研發。
材料科技組：材料及原料之研究(包括電子及生醫陶瓷、薄膜材料、奈米材料)；礦物材料之合成及應用研究，廢棄物之資源、再生及應用；工程地質及岩石力學在大地工程之應用研究等。
有機高分子組：有機材料、高分子材料(光電、生醫、航太) 等領域之研發。
環境規劃與管理組：環境工程、水資源工程、環境管理、資源回收等領域之規劃研究。
土木與防災組：結構、材料、大地工程、營建、運輸、防災管理等。
生物科技組：生化工程、基因工程及生物資訊等。
師資
本博士班係整合本院四系六所之師資92人，絕大多數具博士學位及實務經驗豐富之老師，且多具指導博、碩士經驗，目前亦皆有研究計畫進行中，各研究領域師資分述如下：
化學工程組：含化工、生物高分子材料、觸媒化學、程序控制、有機材料等相關專長領域博士學位師資約二十餘位。
材料科技組：含半導體製程、材料科學與工程、形狀記憶合金、光電磁材料、陶瓷製程與燒結、複合材料、資源回收等相關專長領域博士學位師資約二十餘位。
有機高分子組：含有機複合材料、高強力纖維、有機複合材料、共聚高分子合成、超微細化技術、生物可分解塑膠合成、人工血管、透析中空纖維膜等相關專長領域博士學位師資約十餘位。
環境規劃與管理組：含環境規劃、土壤復育、給水污水工程、環境管理，資源回收等相關專長領域博士學位師資約六位。
土木與防災組：含水土防災技術、結構穩定、混沌理論、防災體系與資訊、土石流防災結構物檢測補強、橋樑管理系統、大地工程監測、基礎施工與防災等相關專長領域博士學位師資約二十餘位。
生物科技組：生化工程、基因工程及生物資訊等相關專長領域博士學位師資約五位。
設備
本所將分為六個主要研究領域整合分工發展，各領域之設備皆已相當齊全，惟將繼續依照相關之研究計畫與常年編列預算，不斷充實，以符時代及研究需求，各領域之研究設備將互相支援共同研究運用，並將精密設備儀器，指派專門技術人員及教授負責照顧管理，以求維護精確之功能與發揮共同使用效率。
建教合作及推廣教育
本所博士班延續過去工程學院內四系六所之建教合作計畫。目前工程學院之建教合作計畫達數十個，本所將承續及統合現有之力量，並加強辦理未來之建教合作工作，未來擬計畫設立建教博士專班，供工程界高階工程師進修博士級學位。
本博士班將延續以往工程學院辦理技職教育之經驗及資源，配合「終身教育」之理念，辦理高級人才訓練班，以推廣務實及專精的知識。